Software

icono de una lupaAl inicio se muestran todos los recursos ordenados alfabéticamente. Puede filtrar el resultado utilizando el buscador:

Recurso Descripción
Recurso Descripción Proyecto Desarrolladores
AMMO-Prot
Herramienta de búsqueda y representación de estructuras tridimensionales de proteínas. En caso de no existir dicha estructura en las bases de datos existentes se predice mediante algoritmos computacionales.
ASP
El proyecto ASP (Amine System Project) es un proyecto interdisciplinar que trata de aunar esfuerzos de un grupo de biología molecular (Procel) y uno de tecnologías informática (Khaos) para producir soluciones adecuadas a los problemas existentes en Biología de Sistemas.
Atenea
Plataforma virtual cuyo objetivo fundamental es proporcionar soporte a la investigación artística en sus vertientes terminológico-lingüística, conceptual, textual-discursiva y teórico-crítica.
AutoDock + jMetal
El docking molecular es un método para el diseño de fármacos que intenta predecir la posición y orientación de una molécula pequeña (ligando) en relación a una proteina (receptor) para producir un complejo estable. La meta de las técnicas de docking molecular es encontrar estadis con una energía de unión mínima. Una de los paquetes software más usado para este fin es AutoDock, que incorpora tres técnicas metaheurísticas para este proposito. Nosotros proponemos la integración de AutoDock con jMetalCpp, un framework de optimización que proporciona algoritmos mono y multi objetivo que pueden ser usados para resolver eficientemente problemas de docking. La combinación resultante de AutoDock + jMetalCpp perimite a los usuarios del primero facilmente usar las metaheurísticas del segundo. De esta manera, los usuarios biólogos tienen a su disposición un conjunto de técnicas metaheurísticas más rico que el proporcionado por AutoDock. Además, los diseñadores de técnicas metaheurísticas pueden usar el docking molecular como casos de estudio, lo que puede llevar a algorimos más eficientes orientados a resolver los problemas objetivo.
Bioqueries
A Wiki based on Linked Data technology where you can edit, construct, publish and manage data. Bioqueries Wiki is a new format to access and share queries based on Linked Data technology. This technology is a new methodology to connect data from different biological data sources to make easy of obtaining crossing information without using crossing references between biological databases and performing relationship between different information useful for biologists and students too. This objective of this website is the participation of a great amount of biologists as it possible. This website is a place of sharing queries about life sciences domain where users can edit and even construct their particular query with the option of making publish or unpublish their own bioqueries. This wiki is a new method to make easy the access for biologist to connecting data. Users interested in complex and specific queries to database to obtain crossing information have a wide of available queries to access to information included in the cloud of Linked Data technology. These queries are classified in hierarchies that belong from different databases and areas like metabolism, genetic, medical information, proteomic etc. Bioqueries wiki is a common space designed to academic biologists, students and researchers. It is a community whose objective is the participation and collaboration of their members. While users are participating in this wiki, biologist users immerse in Linked Data world, a project that was born in 2008 year and his rate of growth has been incremented by year and it has transformed in Linked data community. Moreover, this wiki allows users to learn more about this type of technology based on data. As a welcome way, in the frontal page you can find the most recent contents included in wiki and the most famous content visited by the community. We are still adding new queries every day.
CursoSWS
Curso de Servicios Web Semánticos impartido como una titulación propia de la Universidad de Málaga.
DBOWL
Razonador persistente y escalable para ontologías OWL-DL. DBOWL permite almacenar ontologías en una base de datos relacional (ontologías con un gran número de instancias) y razonar sobre ellas. También soporta consultas conjuntivas extendidas y SPARQL.
DBTech
Sitio Web de la red DBTech Net, un red de expertos en bases de datos, tanto académicos como profesionales de la industria, a nivel europeo. Uno de los objetivos de esta red es desarrollar materiales docentes para impartir conocimientos sobre bases de datos que interesen tanto a estudiantes como a empresas
Extending SAWSDL
Una propuesta para la anotación automática de Servicios Web Semánticos conforme al estándar SAWSDL.
GeoTrip
Sistema Web de Información Geográfica para dispositivos móviles con capacidades para la recomendación de contenidos georeferenciados.
GOAL
Genetics for Ontology ALignments. Herramienta para la optimización de funciones de matching entre ontologías.
ICARIA
Proyecto ICARIA. De la Web Semántica a la Biología de sistemas.
ICARO
Proyecto ICARO. Integración, Consultas, Análisis de Recursos y Ontologías en la Web Semántica.
INB
Herramienta para la localización y ejecución de Servicios Web BioMOBY desarrollado en colaboración en el departamento de Arquitectura de Computadores de la Universidad de Málaga.
iNGS Logo
iNGS
La medicina personalizada puede ser considerada un enfoque médico que propone la personalización de la asistencia sanitaria que implica decisiones médicas y tratamientos que se aplican a un paciente individual y adaptada a ese paciente. Como un primer experimento en este contexto hemos desarrollao una plataforma Web para la ejecución de varias tareas de análisis del genoma. Todos los resultados de estas herramientas de análisis se completan con los datos públicos para generar un informe fácil de completar la información facilitada por la interpretación del genoma y resultados de la herramienta de anotación.
JMetal Logo
JMetal
jMetal es un marco de trabajo basado en java y orientado a objetos que proporciona optimización multi-objetivo con metaheurísticas (http://jmetal.sourceforge.net). Paquetes Maven packages disponibles en: http://mvnrepository.com/artifact/org.uma.jmetal
Kasbi
Herramienta para la recuperación de información integrada a partir de bases de datos existentes. Esta herramienta incluye la capacidad de realizar razonamiento sobre los datos obtenidos para mejorar los procesos de análisis de datos.
KOMF
Marco de trabajo para la mediación basada en ontologías. Este marco de trabajo proporciona la estructura necesaria para generar sistemas de mediación, y ha sido aplicado en diversas herramientas (AMMO-Pro y SBMM Assistant).
Kpath
Kpath, una base de datos que integra información relacionada con rutas metabólicas.Kpath también propociona una interfaz interactica que permite no sólo la exploración, si no el uso profundo de los datos integrados para construir redes metabólicas basadas en existente conocimiento disperso. Su interfaz de usuario ha sido usada para demostrar relaciones que pueden ser inferidas a partir de la información disponible en varias bases de datos públicas.
MaF
The Matching Framework. Una herramienta para la investigación acerca de la composición de algoritmos complejos para el matching de ontologías.
PIE
Proyecto de Innovación docente financiado por la Universidad de Málaga para la introducción de mecanismos de innovación en las asignaturas relacionadas con la gestión de datos en la Web.
Protopia
Herramienta para la recuperación y análisis de relaciones entre proteínas, incluyendo para ello representaciones gráficas de redes de interacción.
RedDB
Página de la Red de Excelencia en Bases de Datos.
SBMM
Systems Biology Metabolic Modeling Assistant es una herramienta para la recuperación de información metabólica que puede ser analizada mediante su representación en grafos SBML.
SD-Core
El Semantic Directory Core proporciona una implementación del concepto de Directorio Semántico, que permite la gestión de metadatos de ontologías y recursos, incluyendo la relación entre los mismos mediante relaciones de correspondencia.
SemESB
Implementación de la arquitectura de referencia descrita en OASIS para cubrir el ciclo de vida de los Servicios Web Semánticos partiendo de la funcionalidad suministrada por un Enterprise Service Bus.
SemFit
Una propuesta para el cálculo de distancias entre ontologías, usando alineamientos entre ontologías y el perfil del usuario, expresado como un conjunto de conceptos relevantes para el mismo.
Taller Smart Cities
¿Quieres conocer una tendencia emergente? ¿Comprender qué es Big Data y cómo las empresas pueden usarlo? ¿Cuál es la aplicación estratégica de las analíticas de grandes volúmenes de datos? Los mercados y las empresas están viviendo una transformación de base tecnológica y social cuya principal derivada es el crecimiento exponencial de datos tanto dentro como fuera de los sistemas empresariales. Las organizaciones se encuentran ante el reto de capturar, transformar, analizar y almacenar datos con sistemas tradicionales que no son capaces de resolver esta nueva problemática adecuadamente. Este nuevo escenario está lleno de retos y oportunidades. Por un lado es marco perfecto para el despliegue de iniciativas basadas en Big Data. En este entorno, asistimos a una verdadera explosión de datos generados fundamentalmente por las interacciones de las personas en las redes sociales y de los miles de sensores y dispositivos conectados (Internet de las cosas) y es precisamente en las ciudades donde se concentran la mayoría de la población y de todos estos dispositivos. Como caso práctico, presentaremos un ejercicio de predicción de la densidad del tráfico en una zona del área metropolitana de Manhattan, en Nueva York. Utilizaremos aplicaciones como Hive y HCatalog para el almacenamiento y procesado de los datos. El análisis de las densidades de tráfico se llevará a cabo utilizando algoritmos y modelos de predicción mediante las librerías de minería de datos de Rhadoop. Ponentes: José F. Aldana, Ismael Navas, José M. García
VSB
Visualizador de ontologías que permite representar diferentes niveles, que van desde los campos semánticos a las instancias de las ontologías.
Yeasts
YeastMed